24 đội bóng đăng ký tham dự vòng loại, chia thành 6 bảng:

• Bảng A: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do Trung tâm đào tạo VĐV bóng đá Nam Định nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 4 đội đăng ký tham dự vòng loại, cụ thể: Mikado Nam Định, Hà Nội T&T, Hòa Phát Hà Nội và Vicem Hải Phòng.
• Bảng B: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do CLB bóng đá Sông Lam Nghệ An nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 3 đội đăng ký tham dự vòng loại, cụ thể: Sông Lam Nghệ An, Hà Nội ACB và Than Quảng Ninh.
• Bảng C: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do Sở VHTT&DL Phú Yên nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 4 đội đăng ký tham dự vòng loại, cụ thể: V&V United, Sài Gòn Xuân Thành, SHB Đà Nẵng và SQC Bình Định.
• Bảng D: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do CLB Bóng đá Hoàng Anh Gia Lai nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 4 đội đăng ký tham dự vòng loại, cụ thể: Hoàng Anh Gia Lai, Bà Rịa Vũng Tàu, Bình Thuận và Đăk Lăk.
• Bảng E: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do CLB bóng đá Khatoco Khánh Hòa nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 3 đội đăng ký tham dự vòng loại, cụ thể: Khatoco Khánh Hòa, Đồng Tâm Long An và Tiền Giang.
• Bảng F: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do CLB Bóng đá Navibank Sài Gòn nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 4 đội đăng ký tham dự vòng loại, cụ thể: Navibank Sài Gòn, Cần Thơ, Kiên Giang và TĐCS Đồng Tháp.[2]

Các đội trong bảng sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng để chọn đội cao điểm nhất dự vòng chung kết cùng 2 đội được vào thẳng là Đồng Nai (đương kim vô địch) và Becamex Bình Dương (chủ nhà).[3]